/normxcorr/trunk

To get this branch, use:
bzr branch http://suren.me/webbzr/normxcorr/trunk

« back to all changes in this revision

Viewing changes to sortvalidpoints.m

  • Committer: Suren A. Chilingaryan
  • Date: 2009-01-15 13:50:29 UTC
  • Revision ID: csa@dside.dyndns.org-20090115135029-wleapicg9a4593tp
Initial import

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
sortvalidpoints.m
 
1
% written by Chris
 
2
 
 
3
function [validx,validy,resnormx]=sortvalidpoints(fitxy)
 
4
 
 
5
% This function will free the good peaks from fitxy, captured by
 
6
% peak_labelling, and send them back as validx and validy. The loops you
 
7
% will find are not absolutely necessary and reduce the speed of this
 
8
% function tremendously and will be changed probably in a future version if
 
9
% there is need.
 
10
 
 
11
sizefitxy=size(fitxy);
 
12
looppoints=sizefitxy(1,1);
 
13
loopimages=sizefitxy(1,2)/12;
 
14
validpoints=fitxy(:,sizefitxy(1,2)-11);
 
15
validnumber(:,:)=validpoints(1:(max(find(validpoints))));
 
16
 
 
17
for i=1:loopimages-1
 
18
    counter=1;
 
19
    for j=1:looppoints
 
20
        if counter<length(validnumber)+1
 
21
            if fitxy(j,i*12-11)==validnumber(counter)
 
22
                resnormx(counter,i)=fitxy(j,i*12);
 
23
                cropwidthx(counter,i)=fitxy(j,i*12-2);
 
24
                counter=counter+1;
 
25
            end
 
26
        end
 
27
    end
 
28
end
 
29
 
 
30
resnormxtemp(:,:)=resnormx(1:length(validnumber),:);
 
31
resnormx=resnormxtemp;
 
32
clear resnormxtemp;
 
33
normresxtest=mean((resnormx./cropwidthx)')';
 
34
number=1:1:looppoints;
 
35
figure, plot(1:length(validnumber),normresxtest,'.');
 
36
drawnow;
 
37
 
 
38
%set new normres
 
39
counter=1;
 
40
for i=1:length(validnumber)
 
41
    if abs(normresxtest(i,1))<10
 
42
        validnumbertest(counter,1)=validnumber(i,1);
 
43
        counter=counter+1;
 
44
    end
 
45
end
 
46
 
 
47
for i=1:loopimages-1
 
48
    counter=1;
 
49
    for j=1:looppoints
 
50
       if counter<length(validnumbertest)+1
 
51
            if fitxy(j,i*12-11)==validnumbertest(counter)
 
52
                validx(counter,i)=fitxy(j,i*12-9);
 
53
                validy(counter,i)=fitxy(j,i*12-5);
 
54
                resnormx(counter,i)=fitxy(j,i*12);
 
55
                counter=counter+1;
 
56
            end
 
57
        end
 
58
    end
 
59
end
 
60
pointnumber=size(validx);
 
61
validxtemp(:,:)=validx(1:pointnumber(1,1),:);
 
62
validx=validxtemp;
 
63
clear validxtemp;
 
64
validytemp(:,:)=validy(1:pointnumber(1,1),:);
 
65
validy=validytemp;
 
66
clear validytemp;
 
67
resnormxtemp(:,:)=resnormx(1:pointnumber(1,1),:);
 
68
clear resnormx;
 
69
resnormx=resnormxtemp;