/ani/mrses

To get this branch, use:
bzr branch http://suren.me/webbzr/ani/mrses

« back to all changes in this revision

Viewing changes to mrses_orig.m

  • Committer: Suren A. Chilingaryan
  • Date: 2010-04-28 04:30:08 UTC
  • Revision ID: csa@dside.dyndns.org-20100428043008-vd9z0nso9axezvlp
Initial import

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
mrses_orig.m
 
1
function res=mrses_orig(A,B,k,Niter,Ncycle,distmod)
 
2
 
 
3
if (nargin<6)
 
4
    distmod=1;
 
5
end
 
6
if (nargin<5)
 
7
    Ncycle=1000;
 
8
end
 
9
if (nargin<4)
 
10
    Niter=500;
 
11
end
 
12
if (nargin<3)
 
13
    k=5;
 
14
end
 
15
if (nargin<2)
 
16
    error('As minimum two matrixes needed for MRSES');
 
17
end
 
18
if (nargin>6)
 
19
    error('Too much parameters');
 
20
end
 
21
 
 
22
 
 
23
sa=size(A);sb=size(B);
 
24
if (sa(2)==sb(2))
 
25
    genes=sa(2);
 
26
else
 
27
    error('Features dimension mismatch');
 
28
end
 
29
 
 
30
 
 
31
optki=zeros(Ncycle,k);
 
32
for icycle=1:Ncycle
 
33
    %   SELECT k GENES {ki} FOR TEST AND EXCLUDE THEM FROM ALL GENES {ke}
 
34
    tt=randperm(genes);
 
35
 
 
36
    ki=tt(1:k);
 
37
    ke=tt(k+1:end);
 
38
 
 
39
for iter=1:Niter
 
40
dist1=bmc(A(:,ki),B(:,ki));
 
41
 
 
42
xki=ceil(rand(1)*k);
 
43
xke=ceil(rand(1)*(genes-k));
 
44
 
 
45
t=ki(xki);
 
46
ki(xki)=ke(xke);
 
47
ke(xke)=t;
 
48
 
 
49
dist2=bmc(A(:,ki),B(:,ki));
 
50
 
 
51
if(dist2(distmod)<dist1(distmod))           % COMPARES BHATA DISTANCES 1-bhata, 2-mahal, 3-corr
 
52
    t=ki(xki);
 
53
    ki(xki)=ke(xke);
 
54
    ke(xke)=t;
 
55
end
 
56
 
 
57
end
 
58
optki(icycle,:)=ki;
 
59
end
 
60
optki=reshape(optki,1,[]);
 
61
[n,g]=hist(optki,1:genes);
 
62
H=[n./Ncycle;g];
 
63
res=flipud(sortrows(H'));
 
64
 
 
65
 
 
66
% DISTANCE CALCULATOR
 
67
function [rbhata,rmahal,rcorr]=bmc(x1,x2)
 
68
 
 
69
c1=cov(x1,1);
 
70
c2=cov(x2,1);
 
71
c=(c1+c2)./2;
 
72
 
 
73
m1=mean(x1);
 
74
m2=mean(x2);
 
75
 
 
76
rmahal=((m2-m1)/c)*(m2-m1)';
 
77
rcorr=2.*log(det(c)./sqrt(det(c1).*det(c2)));
 
78
rbhata=rmahal./8+rcorr./4;